1 августа 1876 года Великая ложа острова Куба была основана Аурелио Альмейда-и-Гонсалесом на западе страны на основе взаимного признания с Великим испанским востоком. В 1878 году члены великой ложи были обвинены в бунте против испанского режима. В ответе великого мастера Грегорио Гонсалеса Амадора и великого секретаря Аурелио Алмейда говорилось, что после появления Занхонского договора[2] не существует никакой власти над Великой ложей острова Куба со стороны Великого испанского востока.
В течение всего времени в масонские ложи вступали уважаемые политики, члены правительства, для которых была основана ложа «Obreros de la Luz». И в то же самое время члены революционного движения Хулио Сануильи вели подготовку к Малой войне (Guerra Chiquita). В подобных условиях были созданы ложи «Plus Ultra» и «Evolución».
После неуклонного сближения великих лож и реструктуризации символического масонства, в 1891 году, Великая ложа острова Кубы заняла место в качестве единой, символической и суверенной масонской организации. В 1892 году единственный Верховный Совет управлял дополнительными степенями масонства на Кубе.
С созданием республики в 1902 году масонство на Кубе стало развиваться намного интенсивнее. Три из пяти первых президентов Кубы были масонами: Томас Эстрада-и-Пальма, Хосе Мигель-и-Гомес и Херардо Мачадо-и-Моралес. Мачадо издал указ в 1929 году о том, что выделяет Великой ложе острова Куба государственную землю для строительства храма великой ложи. Также в этом храме должны были разместиться публичная библиотека и школа. На крыше здания располагалась небольшая колокольня, куда была помещена статуэтка символизирующая свободную мысль, и которая с приходом ночи зажигалась, как маяк[2][3].
В 1930 году в великой ложе было около 14 000 членов в 190 ложах, в 1950 году было примерно 20 000 членов в 258 ложах. В середине 1950-х годов произошло объединение Великой ложи острова Куба и Великой ложи Колумба. К 1959 году общее число масонов возросло до 35 000 членов в 339 ложах[1].